Het museum wordt sinds 1976 beheerd en geëxploiteerd door de Stichting Fries Scheepvaart Museum.
Speciaal gericht op de schaats- en ijssportcollectie is de Stichting Museum de Fryske Winter.
De oorsprong van het museum ligt bij de Vereniging Fries Scheepvaart Museum. De ruim 1500 leden van deze vereniging vormen de vriendenclub van het museum.
In het museum werken 13 mensen:
| B. Boersma-Dijkstra | balie / administratie |
| F. Bokma | conciërge / onderhoudswerk / expositiebouw / collectiebhoud |
| J. Bos-Faber | huishoudelijk werk |
| G. Feitsma-Brouwer | balie / groepsontvangsten / vrijwilligerscoördinatie / PR |
| A. Doornbos | balie / administratie |
| P. Klaaren | balie / conciërge |
| J. Koenen | collectieregistratie / tentoonstellingen |
| J. Leeverink-Boorsma | huishoudelijk werk |
| T. van Niejenhuis | balie / administratie |
| A. Roorda | educatie |
| M. Seffinga | directeur |
| A. Sprik-Dijkstra | balie / boekhouding |
| J.J. Tigchelaar | collectieregistratie / onderzoeksbegeleiding |
Naast personeel zijn in het museum ook tientallen vrijwilligers werkzaam.
Een greep uit hun werkzaamheden:
© 2009 Fries Scheepvaartmuseum - Een museum site van Pictura